הלימודים לתואר שני במינהל מערכות החינוך מיועדים להכשיר בעלי תפקידים ומנהלים במוסדות החינוך לתפקידי ניהול ומנהיגות.
מטרת התכנית להביא את הלומדים להתמקצעות בתפקידי הניהול, ההובלה והמנהיגות, כדי שידעו לזהות את פוטנציאל ההון האנושי בארגון על כל רמותיו ולסייע לו להביא את עוצמותיו לביטוי מירבי. המטרה המרכזית של התכנית הינה להכשיר בעלי תפקידים שיידעו לגשר בין צורכי המערכת לבין שאיפות היחיד להתפתח, ולמלא את ציפיותיו מעצמו, וכן לטפח פתיחות לשינויים וחידושים. הלימודים יכשירו את הסטודנטים להכיר בחשיבות עבודת צוות, השואפת לאחריות ומצוינות אישית צוותית, המפתחת מחויבות להישגים אישיים וארגוניים.