תואר שני במגמה לניהול מערכות חינוך מתאים לסטודנטים המעוניינים לפתח קריירה ניהולית בתחום החינוך הפורמלי והבלתי פורמלי ולרכוש ידע בתחומי הארגון, הניהול ומשאבי האנוש, לאלו השואפים להשפיע על עיצוב המדיניות החינוכית, בארגונים חברתיים או במגזר הציבורי, ולאלו המתכננים לפתח קריירה אקדמית בתחומי הניהול והמדיניות בחינוך.
תכנית הלימודים משלבת קורסים בעלי אופי סדנתי וכוללת חונכות והכשרה מעשית.
תכנית הלימודים במסלול הינה מגוונת ורב תחומית, ומאפשרת בחירה והתאמה אישית לתחומי העניין: מנהיגות חינוכית, אתיקה בחינוך, התנהגות והנעת עובדים במערכת החינוך, ניהול משאבי אנוש, קבלת החלטות, מנהיגות ומיומנויות ניהול במערכת החינוך, ניהול בסביבה עתירת טכנולוגיה, מדיניות חינוך בפרספקטיבה השוואתית, משפט וחינוך, הזכות לחינוך, כלכלה וחינוך, תהליכי הערכה במערכת החינוך, חינוך אלטרנטיבי.
*ניתן לשלב את התכנית עם לימודי תעודת הוראה.