מטרת תכנית לימודי הדוקטורט למדע המדינה של אוניברסיטת חיפה, היא הכשרת חוקרים בתחום מדעי המדינה. מסגרת הלימודים מאפשרת עבודה מחקרית עצמית של הסטודנט בהדרכת המנחה ובאינטראקציה עם סטודנטים אחרים בבית הספר, באוניברסיטה ובארץ בכלל.
כל סטודנט לתואר שלישי יכול להתמחות באחד מהתחומים הבאים: יחסים בין לאומים, מנהל ומדיניות ציבורית ו-ממשל ורעיון מדיני.
ניתנת אפשרות לסטודנטים להנחיה משותפת עם מרצים מתחומי עניין שאינן מכוסים בבית הספר ומעודדים אותם להיפגש וללמוד מניסיונם של חוקרים בתוך בית הספר ומחוצה לו.