המסלול לחינוך מיוחד במכללת הרצוג שם לו למטרה להכשיר את מיטב המורים להוראה מותאמת לתלמידים בעלי צרכים מיוחדים. ההכשרה כוללת העמקה והרחבה של הידע בתחומי הפיזיולוגיה, הפסיכולוגיה ההתפתחותית, הפסיכולוגיה הקוגניטיבית ותיאוריות האישיות, בשילוב ידע בתחומי הפילוסופיה והסוציולוגיה של החינוך המיוחד. בנוסף, כוללת ההכשרה היכרות משמעותית עם מגוון הלקויות, ועם כלים אבחוניים בתחומי הקריאה, הכתיבה והמתמטיקה, וכן העמקה בשיטות טיפול שונות.
תכנית הכשרת מורי החינוך המיוחד במכללה מדגישה, הן בשיעורים התיאורטיים והן בסדנאות היישומיות והדידקטיות, יסודות רעיוניים וערכיים של החינוך המיוחד כפי שהם מתבטאים במקורות היהדות לאורך הדורות.
החוג מקנה תעודת הוראה בחינוך המיוחד במסלול רב גילאי (21-6).