לימודי התואר השני בהוראת התנ"ך ופרשנותו מהווים קומה נוספת והתפתחות בעלת משמעות במהפכה זו. לימוד התנ"ך ופרשנותו לאורך הדורות הוא רב-תחומי במהותו: הספרות התלמודית והמדרשית מתבססת על פסוקי המקרא, יונקת מן התנ"ך ומפרשת אותו. לימוד התנ"ך עצמו מבוסס על ניתוח ספרותי של פרקי הלימוד, על הכרת הראליה וההיסטוריה של תקופתו, על הכרת המקומות שבהם התרחשו המאורעות המתוארים בו, ועל הכרת עולם המחשבה שבו התממש עולמו הרוחני של התנ"ך. בדורות האחרונים נוספו לכך היבטים פרשניים חדשים כמו: השתקפות המקרא בספרות, בשירה, באמנות, בקולנוע ובתיאטרון.
הלומדים בתכנית ילמדו בעיון פרשיות מן המקרא, יעמיקו את היכרותם עם התחומים הרבים הנושקים לפרשנות המקרא וירחיבו את אופקיהם בפרשנות הרב-תחומית המגוונת.
לימודי התואר השני מתנהלים על פי דרכה של מכללת הרצוג המבקשת ליצור גשר יחיד במינו בין דרכי הלימוד המסורתיות של חז"ל ופירושיהם של רבותינו הראשונים והאחרונים, ובין דרכי הלימוד החדשות שהתפתחו בדורות האחרונים. דרך זו משלבת בין מחויבות אמונית ותורנית ובין שימוש בכלי מחקר ופרשנות מודרניים.
כמה מתוך בוגרי התואר השני בהוראת התנ"ך כבר עושים את דרכם בלימודי התואר השלישי בתנ"ך באוניברסיטאות, לאחר שלימודיהם במסגרת התכנית הוכרו לשם כך.
ראש התכנית: הרב ד"ר יהושע רייס