המסלול לתואר כפול: מתמטיקה-מדעי המחשב הוא מסלול לימודים המקנה שני תארים תלת-שנתיים: במתמטיקה ומדעי המחשב. הוא מיועד לסטודנטים בעלי סכם גבוה במיוחד, ומנוהל במשותף על ידי הפקולטה למתמטיקה והפקולטה למדעי המחשב. מסלול זה מהווה מסלול הרשמה נפרד ולומדים בו על-פי תוכנית קבועה מראש. מבחינה אקדמית, מדובר בתוכנית לימודים עשירה ומעמיקה ביותר.
קורסי החובה כוללים את כל מקצועות החובה של מתמטיקה ושל מדעי המחשב ברמה מוגברת.
קורסי הבחירה כוללים מקצועות מתוך רשימת כל מקצועות החובה והבחירה הניתנים ע"י הפקולטה למתמטיקה או הפקולטה למדעי המחשב, שאינם מוכלים במקצועות החובה או חופפים למקצועות החובה של המסלול. יש לבחור לפחות סמינר אחד מהפקולטה למתמטיקה ופרויקט אחד מהפקולטה למדעי המחשב. בכל מקרה יש לצבור לא פחות מ14- נקודות בחירה מכל פקולטה.