התפתחותן המואצת של טכנולוגיות המחשוב הביאה ליצירת מערכות תוכנה מגוונות ורבות. בשנים האחרונות, כאשר מורכבות המערכות מתעצמת והדרישות משתנות בקצב בלתי פוסק, התעורר הצורך בפיתוח מערכות והקניית שיטות לארגון.
ההתמחות המוצעת בהנדסת תוכנה ומערכות עוסקת בשיטות תיאורטיות ויישומיות להתמודדות עם אתגרים אלה. מטרת ההתמחות היא להקנות לבוגרים ידע ומיומנויות שיאפשרו להם השתלבות אופטימאלית בתעשיית התוכנה והתמודדות עם הביקוש הגובר לפתרונות תוכנה טכנולוגיים המותאמים למערכות תוכנה גדולות.
היקף הלימודים במסלול זה הוא 124 נקודות זכות, המורכבות מקורסי החובה, קורסי בחירה במדעי המחשב ובהתמחות וסדנא. ההתמחות מתבטאת בקורסי הבחירה, אותם ניתן להתחיל ללמוד בסמסטר ב' של שנת הלימודים השנייה. ביטוי ללימודי החטיבה יינתן בגיליון הציונים של הבוגר.