מטרת הלימודים בחוג להקנות לתלמידים את ידיעת המקרא והבנתו באמצעות הכלים והשיטות של מחקר המקראה המודרני.
הלימודים מתנהלים בשני מסלולים:
מסלול דו-חוגי ומסלול חד-חוגי.
במסלול הדו-חוגי , רוכש התלמיד בשנים הראשונות ידע בסיסי וכלים ולאחר מכן הוא יכול להרחיב את ידיעותיו בנושאים כבחירתו. אם מבקש התלמיד להעמיק בתחום מקרא הוא יכול לבחור במסלול החד-חוגי שלימודיו מרוכזים רק בתחום המקרא.
בין השיעורים המוצעים:
ספרות המקרא ולשונה, שירה ונבואה במקרא ובעולם הקדום,
שכר ועונש במקרא, ארכיאולוגיה ומקרא ופרשנות יהודית למקרא.