הנדסת מערכות היא מכלול הכלים המדעיים והמעשיים הדרושים להובלת פיתוח טכנולוגי. מהנדס מערכת הוא מהנדס/פיסיקאי בעל ידע הנדסי רב-תחומי (בנוסף למומחיות ספציפית), בעל תפיסה מערכתית, ובעל יכולת לאינטגרציה רב-תחומית בביצוע התכנון, ההנדסה, והניהול של פרויקטים. תחום הנדסת המערכות זוכה בעשור האחרון לתשומת לב גוברת בעולם בכלל ובישראל בפרט, ובהתאם לכך, גדלה בשנים האחרונות הדרישה למהנדסי מערכות מקצועיים לשם הנהגת הפיתוח הטכנולוגי בפרויקטים מורכבים ורב-תחומיים.
מטרת התכנית היא להעניק לבוגריה בסיס אקדמי ומעשי בתחום הנדסת המערכות, ולהכשיר אותם לשימוש בכלי הפיתוח והבקרה העדכניים. הלימודים התיאורטיים וההתנסות המעשית במסגרת התכנית מכוונים לפתח את היכולות הנדרשות ממהנדס המערכות – חשיבה מערכתית, עבודה בצוות, גישה רב-תחומית אינטגרטיבית תוך התמצאות בפרטים – שיקנו לבוגר יכולות הובלה וניהול טכנולוגיים.