הלימודים בתואר שני בגיאוגרפיה ערוכים סביב חמישה מוקדים מרכזיים:
א. הגיאוגרפיה של האדם בה מנתחים את מרכיבי הנוף המעוצבים על-ידי האדם.
ב. הגיאוגרפיה הפיזית בה מסבירים את תפרוסת הנוף הטבעי והתהליכים המעצבים אותו.
ג. הגיאוגרפיה של ארץ-ישראל כלימוד של חבל ארץ בו מיושמים העקרונות השיטתיים של המקצוע לענפיו השונים.
ה. הגיאוגרפיה השימושית - יישומית הכוללת שורה של תחומים כמו: החישה מרחוק ומערכות מידע גיאוגרפיות (G.I.S); תיירות, שימור, ותכנון.
ו. לימודי סביבה, הכוללים פרקי מבוא באקולוגיה, קרקעות, איכות מים ואויר, מים עיליים ומי תהום, שמירת טבע, אסונות טבע, שינויי אקלים גלובליים בהווה ובעבר ועוד