בין הנושאים הנלמדים:
גיאוגרפיה, ארכיאולוגיה, תקופת המקרא, בית שני, משנה ותלמוד, ימי הביניים, העת החדשה ועוד. תקופות ההתמחות הנלמדות במחלקה: תקופת המקרא, ימי הביניים, העת החדשה ותקופת הבית השני, המשנה והתלמוד.
ניתן לבחור בין בין שתי מגמות:
מגמה ארכיאולוגית שתעסוק בארכיאולוגיה ותרבות חומרית ומגמה היסטורית שתעסוק בגיאוגרפיה היסטורית של ארץ-ישראל לתקופותיה - התמחות לפי תקופות.
ישנם מספר מסלולים לבחירה:
ראשי, משני, מורחב, דו ראשי מובנה, של לימודי ארץ-ישראל - גיאוגרפיה ותכנית להסמכה כארכיאולוג חופר. סיורים וחפירות ארכיאולוגיות הם חלק בלתי נפרד ממערכת הלימודים.