לימודי התואר השני במחלקה נועדו לצייד את התלמידים במיומנויות מחקר וניתוח, ולהעמיק את ידיעותיהם תוך התמקדות באחת מחמש מגמות התמחות: חברה ותרבות אנתרופולוגיה חברתית פסיכולוגיה חברתית סוציולוגיה של הבריאות וסוציולוגיה ארגונית.