התוכנית בהנדסת תוכנה באה לענות על הצורך העצום במהנדסי תוכנה בתעשייה. התוכנית היא ארבע-שנתית ומשותפת לפקולטה למדעי הטבע ולפקולטה למדעי ההנדסה. השנתיים הראשונות נלמדות במחלקה למדעי המחשב והשנתיים האחרונות במחלקה להנדסת מערכות מידע. תוכנית הלימודים משלבת הכשרה מדעית עמוקה עם לימוד ממוקד של שיטות עכשוויות בבניית תוכנה והתנסות מעשית ביישומי מדעי המחשב ושימוש בכלים מתקדמים. הלימודים משלבים תוכנה (אלגוריתמים, שפות, מערכות), חומרה (מבנה המחשבים, ארכיטקטורה), שימושים ומתודולוגיות נפוצות (בסיסי נתונים, רשתות וכדומה). הלומדים בתוכנית יוכשרו בתחומי מדעי המחשב, מערכות מידע, הנדסת תוכנה, הנדסת מחשבים ותקשורת מחשבים. תחומים אלה יסייעו להם להשתלב בתעשייה או להמשיך לתארים מתקדמים.