המסלול לחינוך מיוחד מכשיר מורים להוראה במסגרות לחינוך מיוחד ובמסגרות שילוב, המטפלות באוכלוסיות בעלות צרכים מיוחדים במסגרת החינוך הרגיל. היכולת להתאים את תהליך הלמידה לצרכים המיוחדים של התלמידים, בגן ובבית הספר, תורמת למורים המלמדים במסגרות החינוך הרגילות המשלבות תלמידים בעלי צרכים מיוחדים. המגמה הקיימת היום היא לשלב כמה שיותר ילדים עם צרכים מיוחדים בבתי הספר הרגילים.
ההכשרה במסלול מתמקדת בכל הקשת של הלקויות הקיימות. הלימודים מקנים לסטודנטים כלים אקדמאיים מקצועיים להוראה, המותאמת ללימוד בעלי צרכים מיוחדים ולקידומם בתחומים התפתחותיים ואקדמאיים. המסלול מכשיר מורים להוראה במוסדות החינוך המיוחד וגם להוראה במוסדות החינוך הרגיל.
במסגרת תכנית זו מתקיימות שתי התמחויות:
גננות בחינוך המיוחד (גילאי 0-6) בשילוב החינוך הרגיל , מסלול רב גילי בחינוך המיוחד (כתות א'-יב') .
ניתן לשלב התמחות נוספת: ספרות, לשון, היסטוריה, מינהל מערכות חינוך, טבע.