לימודי המ"א מתקיימים בשמונה מגמות ותוכניות מיוחדות: פסיכולוגיה קוגניטיבית וגורמי אנוש, פסיכוביולוגיה, פסיכולוגיה קלינית, פסיכולוגיה קלינית - חינוכית, פסיכולוגיה תעסוקתית-ארגונית, פסיכולוגיה קלינית במסלול נוירופסיכולוגיה, פסיכולוגיה התפתחותית, מסלול אישי בפסיכולוגיה חברתית.
הלימודים מתקיימים במסלול הדורש כתיבת עבודת גמר מחקרית (תיזה), בנוסף לקורסים ולפרקטיקום הנדרשים על ידי כל מגמה ומסלול.
*מסלול ישיר לדוקטורט: מיועד לתלמידים מצטיינים שיש ברצונם להמשיך ברצף לקראת לימודי התואר השלישי ושהחוג רואה בהם מועמדים מבטיחים ללימודי תואר שלישי. תנאי קבלה למסלול כולל סיום לימודים לתואר "בוגר" בציון משוקלל של 90 לפחות בכל אחד מחוגי הלימוד