מסלול א' עם כתיבת עבודת גמר מחקרית ומסלול ב' עם בחינת גמר.
בלימודים לתואר שני עם עבודת גמר מחקרית (תיזה) קיימות המגמות הבאות: מתמטיקה, מתמטיקה עם מדעי מחשב, מתמטיקה למדעי החברה (מסלול עם תיזה בלבד), מתמטיקה וחינוך (תוכנית משותפת יחד עם החוג לחינוך).
בלימודים לתואר שני ללא עבודת גמר מחקרית קיימות המגמות הבאות: מתמטיקה, מתמטיקה עם מדעי מחשב, מתמטיקה וחינוך (תכנית משותפת עם החוג לחינוך מתמטי)..