הלימודים של תואר שני בהיסטוריה של עם ישראל, מתנהלים בשני מסלולים:
מסלול הכולל עבודת גמר מחקרית ומסלול הכולל בחינות גמר (ללא עבודת גמר).
בחוג מתקיימות מספר תוכניות:
המקרא ועולמו (בשיתוף החוג למקרא)
תולדות עם ישראל בעת החדשה
תרבות ישראל- ספרות מחשבה והיסטוריה (בשיתוף החוג לספרות עברית והשוואתית)
אזרחות
משפט עבר- היבטים היסטוריים ותרבותיים (בשיתוף הפקולטה למשפטים)