מטרת הלימודים היא להרחיב ולהעמיק את ידיעות התלמיד בדרכי חקר המקרא, תוך התמחות בתחומים שונים:
ביקורת הנוסח ותולדותיו, לשון המקרא ותכונותיה, אמונות ודעות שבמקרא, פרשנותץ יהודית ומודרנית, ספרות חיצונית,דת ותרבות של עם ישראל על רקע המזרח הקדום, היסטוריה וארכיאולוגיה של תקופת המקרא.
הלימודים לתואר מ.א. מתנהלים באחד מארבעת המסלולים:
מסלול א' - מומלץ לאלה המתכוונים להמשיך במחקר ובלימודים לקראת תואר ד"ר והוא כולל כתיבת עבודה מחקרית.
מסלול ב' - מכוון לאלה המבקשים להרחיב ידיעותיהם בנושאי המקרא וכולל החינת גמר (אינו כולל כתיבת עבודה מחקרית).
מסלול אישי- הרכבת תכנית לימודים למעוניינים להתמקד בתחום או בנושא מיוחד.
מסלול מואץ לתואר שני- תואר ראשון ושני בארבע שנים לתלמידים מצטיינים.
תכניות נוספות לתואר שני:
תכנית MA משותפת לחוגים למקרא ולתולדות ישראל:( "המקרא ועולמו")- השיעורים יתמקדו בנושאים המהווים חלק מתוכנית הלימודים בבתי הספר ומיועדת בראש ובראשונה לציבור המורים למקרא בבתי הספר התיכוניים.
הלימודים מרוכזים ביום אחד בשבוע. התכנית קיימת במסגרת מסלול ב'.
תכנית משותפת עם החוג לארכיאולוגיה: "המקרא לאור הארכיאולוגיה" - בשיעורים ישולבו סיורים באתרים ארכיאולוגים והדרכות במוזיאונים. התכנית קיימת במסגרת מסלול א' ו-ב'.