תואר שני בלימודי נשים ומגדר הינה בינתחומית ובעלת אוריינטציה מחקרית. מטרת התכנית היא הקניית ידע מעמיק במחקר ובדיון המגדרי על פניו השונים, כלים למחקר בתחום, ולפיתוח הראייה המורכבת של המציאות המגדרית והבנתה לאופנים בהם מסגרות מגדריות מעצבות את מציאות חיינו.
בתכנית זו,יינתן דגש על החיבורים התיאורטיים שבין הדיסציפלינות השונות לבין לימודי נשים ומגדר, יחד עם התעמקות במתודולוגיה ובאפיסטמולוגיה הייחודיים לחקר המגדר. תכנית זו תקיף מגוון נושאים שמייצגים את העיסוק האקדמי בחקר נשים ומגדר; בין הנושאים שיעמדו במרכז הדיון יהיו:
הבנייה תרבותית של נשיות וגבריות פוליטיקה ומגדר מין ומיניות לימודי גבריות מדע ומגדר גלובליזציה ומגדר מגדר ומשפט מגדר ותרבות פופולארית הסטודנטים/יות, פיתוח ראייה מורכבת של המציאות המגדרית, אותה יוכלו לקחתה להמשך דרכם האקדמית בלימודים לתואר שלישי, והמקצועית - בין אם כיועצי/ות לענייני מגדר היועצים לחברות פרטיות, ביחידות לקידום שוויון מגדרי המוקמים היום בכל מוסד ממשלתי וארגון ציבורי המחויבים להטמעת ראייה מגדרית (צה"ל, משרד החינוך, עיריות), או בארגוניים חברתיים המקדמים ומעודדים שינוי חברתי.