תכנית הלימודים לכימיה חישובית משלבת הקניית ידע במדעי המחשב עם הקנית ידע רחב בכימיה ובביולוגיה. חטיבה שלישית המחברת בין השלושה הראשונות בתכנית הלימודים נועדה להכשיר את הסטודנט לעסוק בעיבוד נתונים וניתוחם, מציאת הקשר בין מבנה המולקולות לתכונותיהן, טכניקות לתכנון והנדסת מולקולות קטנות חדשות בעלות פוטנציאל רפואי תרפיוטי ומחקרי ומציאת כלים חישוביים חדשים לחקירת ההתנהגות של המולקולות הקטנות. על מנת לקדם מיומנויות אלה, יִלָמדו קורסים כגון תכנות אבולוציוני, ביולוגיה מבנית, ביואינפורמטיקה, כימיה חישובית, מודלים חישוביים לפיתוח תרופות, וכדו'.