ביה"ס לבנקאות ושוק ההון החל לפעול במתכונתו הנוכחית בשנה"ל תשס"ב (2001-2002). ביה"ס הוקם בעקבות דרישה שעלתה הן מהאקדמיה והן מהעוסקים בענף הבנקאות ובשוק ההון בכלל- להקים בית ספר לבנקאות ושוק ההון אשר יכשיר אנשי מקצוע המתמחים במקצוע הבנקאות תוך שילוב של ידע אקדמי עם ידע מעשי משוק ההון.
מסלולי לימודים אקדמיים בבנקאות קיימים זה מכבר במדינות העולם המערבי ובעיקר באמריקה הצפונית ובאירופה. בישראל לעומת זאת לא פועל כיום אף מוסד אקדמי, מלבד המכללה האקדמית נתניה, המאפשר השכלה מקיפה בבנקאות, המקנה למסיים אותה תואר אקדמי בבנקאות ושוק ההון וזאת כאשר הדרישה לכך הולכת וגדלה.
בעקבות ההצלחה הרבה שלה זכתה התכנית לתואר ראשון ובעקבות עניין רב שהביעו רבים מבוגרי התכנית להמשך הלימודים לתואר שני בבנקאות ושוק ההון, הוחלט על פתיחת תכנית לתואר שני בבנקאות ושוק ההון. תואר זה יאפשר הרחבה והעמקה של הנושאים והתמקצעות נוספת במיוחד בתחום הבנקאות המתפתח כל כך בשנים האחרונות.
*המל"ג אישרה את פתיחת התוכנית. הענקת התואר מותנית באישור המל"ג.