תוכנית הלימודים של תואר שני בייעוץ חינוכי, כוללת שבע חטיבות:
חטיבה א': מתודולוגיה ולימודי תשתית - 6 ש"ש
מחקר איכותי וכמותי
פסיכודיאגנוסטיקה / דרכי איסוף נתונים להערכה פסיכו-חינוכית
היבטים בהתערבות פסיכו-חינוכית
תורת הראיון המסייע
התרגול במחקר אינו כלול במנין השעות לתואר
חטיבה ב': נושאי תשתית בייעוץ חינוכי - 5 ש"ש
חטיבה ג': סמינריונים - 4 ש"ש
חטיבה ד': ייעוץ ממוקד אוכלוסיה - 4 ש"ש
חטיבה ה': כלים בשירות היועץ - 5 ש"ש
חטיבה ו': עבודה מעשית (פרקטיקום) והדרכה - 16 ש"ש
בכל אחת משתי שנות הלימוד 6 ש"ש פרקטיקום, ו-2 ש"ש הדרכה קבוצתית מלוות-פרקטיקום
חטיבה ז': עבודת גמר יישומית
*סדנת הליווי לכתיבת עבודת גמר יישומית אינה נכללת במניין השעות לתואר