קיימים בחוג שני מסלולי לימוד לתואר השני:
מסלול א' - עם עבודת גמר:
לימודים אלה כוללים סמינריונים ושיעורים בתחומים שונים של חקר המקרא, כגון אמונות ודעות, עולםהמקרא והמזרח הקדום, ספרות המקרא, בעיות חיבור ועריכה, נוסח המקרא ותרגומים עתיקים, פרשנות המקרא, ועוד.
שפות עתיקות
כמו כן חייב התלמיד לקנות יכולת קריאה בספרות מחקר בלשון אירופאית בנוסף לאנגלית. החוג ממליץ על גרמנית.{ ראש החוג רשאי לאשר שפה אחרת לפי בקשת התלמיד, כגון צרפתית}.
מסלול ב' - ללא עבודת גמר:
לימודים אלה כוללים סמינריונים ושיעורים בתחומים שונים של חקר המקרא, כגון אמונות ודעות, עולם המקרא והמזרח הקדום, ספרות המקרא, בעיות חיבור ועריכה, נוסח המקרא ותרגומים עתיקים, פרשנות המקרא, ועוד.
ספרות מסופוטמית.
לימודי העשרה בחוגים אחרים .