תכנית הלימודים של תואר ראשון בהנדסת ביוטכנולוגיה ומזון, כוללת מקצועות בסיסיים ומתקדמים ובכללם : מתמטיקה, פיסיקה, כימיה ומחשבים. מקצועות הקשורים בביולוגיה, בהנדסה ובטכנולוגיה של מזון ובביוטכנולוגיה מהווים את הגרעין של התוכנית הלימודית, וכוללים בין היתר: ביולוגיה, מיקרוביולוגיה, תהליכי יסוד בהנדסת ביוטכנולוגיה ומזון, הנדסה גנטית, מיקרוביולוגיה, תהליכי תסיסה, תהליכי הפרדה והשבה , ביולוגיה מולקולרית, אימונולוגיה ועוד.
במסלול הנדסת מזון מתמחים הסטודנטים באספקטים הקשורים באריזה, תכנון מפעלים, תהליכי בקרה, כלכלה, שיווק וניהול. בשנה האחרונה ללימודים יכולים הסטודנטים לבחור בעבודת גמר ניסיונית באחת משתי ההתמחויות.
*התרגול נעשה במתקן חצי חרושתי גם של הנדסת מזון וגם של ביוטכנולוגיה. הסטודנטים אף משתתפים בסיורים במפעלים ובהרצאות סמינריוניות של מומחים אורחים.