תואר שני בביוטכנולוגיה בתל חי כולל את האפשרויות:
מסלול לימודים עם תזה:
תכנית הלימודים כוללת קורסי חובה וקורסי בחירה. על כל תלמיד לצבור שלושים נ"ז בקורסים, מתוכן עשרים וארבע בקורסי חובה ועוד שש בקורסי בחירה. עבודת התזה תתבצע באחת ממעבדות מיג"ל השותפות בתכנית בהנחיית חוקר מיג"ל מדרגת מרצה בכיר עד פרופ' מן המניין. התלמיד יתחיל בביצוע עבודת המחקר כבר מן הסמסטר הראשון. בתום הסמסטר השני יגיש התלמיד הצעת מחקר לאישור ועדת ההוראה של התואר השני. התזה תוגש בתום חופשת הקיץ לאחר שנת הלימודים השנייה.
מסלול לימודים ללא תזה:
על כל תלמיד לצבור ארבעים ושמונה נ"ז לפי הפרוט הבא: ארבעים ושתיים נ"ז בקורסים, מתוכן עשרים וארבע בקורסי חובה ועוד שמונה עשרה בקורסי בחירה, ושש נ"ז בפרויקט מחקר מסכם, אותו יבצע התלמיד בסמסטר האחרון בתכנית, ובו ישקיע לפחות עשרים וארבע שעות בשבוע לאורך הסמסטר (לפי מפתח של 0.25 נ"ז לשעת מעבדה שבועית סמסטריאלית). פרויקט המחקר יתבצע במעבדות המחקר במיג"ל השותפות לתכנית או במעבדות מחקר במוסדות אקדמיים מוכרים אחרים. בכל מקרה יהיו ראשי מעבדות המחקר בדרגת מרצה בכיר ומעלה. עם סיום הפרויקט יגיש התלמיד עבודה מסכמת בכתב, עליה ייבחן גם בע"פ.