בתי החולים של האוניברסיטה מצוידים במיטב הציוד הרפואי המודרני המאפשר מתן טיפול רפואי מתקדם למגוון רחב של בעלי חיים המגיעים מכל רחבי צ'כיה ומהמדינות השכנות (בשנת 2003 בלבד טופלו בבתי החולים של האוניברסיטה כ- 18,000 בעלי חיים שונים).
בית החולים החדש לסוסים וחיות גדולות נחנך בשנת 1998 ומספק שירותי רפואה ורפואת ספורט לסוסי מירוץ. בית החולים החדש לחיות קטנות וחיות אקזוטיות נחנך בשנת 2003.