תכנית הלימודים של תואר שני בחינוך גופני כוללת:
2 שעות קורסי הנחייה לכתיבה ו 2פרויקט הסיום.
בלימודי החובה נכללים לימודי התשתית, חלק מלימודי הדיסציפלינה, סדנת הפרויקט היישומי וכתיבת הפרויקט. לימודי הבחירה כוללים לימודי דיסציפלינה בתחום מדעי החיים ובתחום מדעי החינוך והחברה .
בין הקורסים הנלמדים:
שיטות במחקר כמותי, שיטות במחקר איכותני, תפיסת הגוף והבריאות במקורות היהודיים ובאורח החיים הדתי, היבטים בריאותיים של פעילות גופנית בילדים, המערכת החינוכית כארגון משלב, פעילות גופנית בתנאי סביבה עוינים, סוגיות פיזיולוגיות מתקדמות בפעילות גופנית של ילדים : הילד הספורטאי, משוב ביולוגי בחינוך גופני ובספורט, המערכת ההורמונאלית - שחקן ראשי בספורט ובמצבי דחק פיזיולוגיים, חינוך גופני בבית הספר - ממחקר למעשה, היבטים סוציולוגים במערכת החינוך - תאוריות ומודלים ליישום בשדה החינוך הגופני והספורט ועוד.