המגמה לנטורופתיה במכללת מדיסין שמה לה למטרה:
א. להכשיר נטורופתים עם יכולת אינטגרטיבית של תשאול ואבחון, לטיפול טבעי רב-תחומי לאדם שלם.
ב. ליצור תהליך לימוד שיפתח בסטודנטים איכויות של אחריות, צמיחה אישית, רגישות ומודעות בתחומי התזונה, התנועה והתודעה.
ג. להכשיר נטורופתים עם חשיבה הוליסטית ועם ידע המשלב את הנטורופתיה הקלאסית, המחקרית, האמפירית והמודרנית כאחד.
ד. להעניק הבנה מקיפה למדעי הרפואה המערבית: אנטומיה, פיזיולוגיה, פתולוגיה, בדיקות מעבדה, אבחנה מבדלת ועוד, כדי לאפשר להם לעבוד בשיתוף פעולה עם רופאים, מטפלים וחוקרים.
ה. לבנות תשתית להמשך למידה אישי בענף המחייב התחדשות על פי מידע עדכני, מחקרי וטיפולי.
ו. לממש תוכנית לימודים ששואפות לקשר מתמיד עם תלמידיה ומקיימת קשר הדוק עם גורמים בקהילה.